Bên cạnh thuế chính thức còn có thể có thuế phụ thu. Thuế này không nhằm điều tiết trực tiếp đối tượng thu mà chỉ lợi dụng đối tượng thu để huy động một nguồn tài chính phục vụ mục đích nào đó không nhất thiết liên quan đến đối tượng thu. Ví dụ: chính phủ Pháp đánh thuế phụ thu đối với người đi máy bay ở Pháp (thu thuế này khi họ mua vé máy bay) để có nguồn tài chính tài trợ cho các hoạt động phòng chống dịch bệnh, nhất là HIV/AIDS, ở các nước nghèo; gần đây, chính phủ Brasil đánh thuế phụ thu đối với người đi xe buýt để lấy phí tài trợ cho việc tổ chức World Cup 2014 tại Brazil, hoạt động này đã bị phản đối gay gắt của người dân.